Looking it up in J-J dictionaries, it seems like the meaning of the word is of things not being in order and unable to tell apart, which is indeed chaos. But it can also be used when something is not understood/known, for example the universe.
・今年のJリーグは残り2節となりましたが、勝ち点7差の中に4チームが入っていて、優勝の行方は混沌としています。
・彼氏にしたいような素敵な男性が、周囲に何人もいて、私の気持ちは混沌としている。
・この駄菓子屋は、色んなお菓子やおもちゃが不規則に陳列されていて、混沌とした状態だ。
from http://oshiete.goo.ne.jp/qa/3738432.html
That said apparently it is used in the Japanese version of Dark souls as a translation for daughter of chaos, so it might be safe to use this word for you.
http://w.livedoor.jp/project_dark/d/%BA%AE%C6%D9%A4%CE%CC%BC